接X系列第六作分支後續作品，途中有一段歷史：ZERO沈睡後X借瑪薩精靈力量結束Irregular戰爭，精靈受到詛咒，ZERO身體被盜改裝成OMEGA，拜魯發動妖精戰爭，X等人製造ZERO復製身體載入其真正靈魂，兩位英雄共同結束妖精戰爭後拜魯和OMEGA被放逐出宇宙，X用身體封印黑暗精靈（即被詛咒的精靈），ZERO再次封印自己——沈睡100年。Z系列整體故事時間與X系列後期指令任務故事時間平行，同是22XX年。