如果說機器人大戰A只是BANPRESTO用來測試GBA機能的話，這款機器人大戰R則充分利用了GBA的強大性能，此間的R來源於REVERSAL（逆轉）。雖然本作所加入的登場作品並沒有很多人先前想象中的那麼豐富，但其中精品也不少，加上它出身於掌機的優勢，絕對是款不可多得的好遊戲。

一年戰爭開始後，人們已經經歷過了數不清的戰爭，戰爭令地球殘留了很多傷痕，地球人在接受完全和平主義之下實行地球統一國家，因此戰爭也就暫且終結了。但這只是地球圈的內部，當地球圈外部來侵略之時，在完全和平主義的概念下的地球圈內部，軍備的縮小，武器的廢棄使他們幾乎喪失了和外界對抗的能力。只有通過各個秘密基地所建造的機器人來和外星球戰鬥，最後取得勝利並與外星人和解。

 但也正因為這場戰役，使地球圈內的人認為完全和平統一主義下的國家很無能，隨即建立了新地球聯邦。但另一方面隨著和殖民衛星的矛盾逐漸加深，從而誕生了由夏亞率領的新自護，之後，地球與殖民衛星的戰爭再次展開......