《鉆地小子 A不可思議的細菌》遊戲中，玩家控製鉆地小子，目標是向畫面下方不斷鉆入，方向鍵對應四個方向移動，A鍵為鉆地，需要註意的是，玩家每次只能向左、右以及下方鉆一個顏色的方塊；而移動時，也最多只能爬上一格高度的方塊。遊戲中，所有的彩色方塊都可以被鉆透，而類似於巖石模樣的，則需要多鉆幾次。由於耗費較多體力，會扣去空氣槽。畫面右側的長條即表示鉆地小子剩余的空氣含量，會隨著遊戲的時間而慢慢減少，在鉆地過程中，玩家可以找到一些空氣膠囊來補充。每當玩家鉆去一個地方的方塊時，上方的彩色方塊如果沒有支撐，則會塌落下來。在落下的過程中，任何方向只要有4個顏色相同的方塊連接在一起，就會自動消去，從而引發進一步的塌陷，而玩家要註意不被落下的方塊砸到，否則會損失一條生命。