《拳皇EX-新血》遊戲系統采取3對3的隊伍戰型式，玩家必須把對手隊伍全員打倒才算獲勝。遊戲中將過去系列所使用的點數製廢除，而改采「審判系統（JUDGE SYSTEM）」的方式。這個系統會依照玩家獲勝時的剩余時間與打倒對手、戰勝所用的連續技、本身所受到的傷害值等要素來加算點數，玩家只要儲存滿一定的點數便可以讓遊戲角色提升等級。等級共分八階段，當達到最高等級時該角色就會變成所謂的「大師角色」，此時不但可以使用消耗3格量表的「大師模式」，並可以藉由「大師模式」在一定時間內盡情使用超必殺技、MAX超必殺技等技巧。由於玩家就算只有玩一下下也都能收集到點數，因此就算對格鬥遊戲不拿手的玩家也可以輕易練出大師級角色來遊玩，不至於有怎麼樣都打不贏的情況出現。
