《超級機器人大戰W》是B社轉戰NDS的初作，本作將活用NDS主機的機能，遊戲畫面通過NDS 的上下兩屏幕表示，劇本也劇本分前後兩個時間段，這也是本作叫做「W（指Nintendo DS的雙液晶畫面（Double Screen (Display)）」的原因。遊戲中玩家即可以使用觸控筆來操作，也可以使用十字鍵+按鍵的方式操作，而遊戲的系統將基本沿襲《超級機器人大戰J》的系統。