《惡魔城：被奪走的封印》是NDS平臺上第3款《惡魔城》續作。畫面風格與NDS版的前兩作比較吻合。此作主角是一名女性，這也是《惡魔城》系列10年來首次女主人公講述主線故事。

主要攻擊系統在本次遊戲裏出現了翻天覆地的變化。自GBA版《惡魔城：曉月圓舞曲》的「魂系統」出現以來，其後續的掌機作品裏的普通攻擊系統發生了形形色色的變化。本次武器的系統被命名為刻印。這是一種寄宿著萬物能力的詛咒之刻印，它會從敵人身上掉落，也會在地圖某處藏著，一旦玩家獲得了這些刻印並且裝備上的話，除了各式各樣的攻擊手段以外，還能夠形成各種動作來突破各種迷題。

刻印分為主、副、後備（裝備即可生效）3種，每一種都分配在3個功能不同的按鍵上。普通情況下，各種刻印均可單獨使用，不過另外一方面，假如玩家在主、副刻印上均有裝備刻印的情況下同時使用，還能夠派生出更為強大的攻擊效果。這也是本次拋棄了基本武器而完全采用了刻印代替的最新創舉。

本作地圖將采用類似於前作《惡魔城:廢墟的肖像》的地圖系統，而又有所創新。除了惡魔城以外，玩家還可以在豐富多彩的外部世界展開冒險。另外一方面，地圖完成率的收集要素也是存在的，隨著遊戲進度的推進，也會出現村民任務相關的專屬地圖。