《口袋妖怪 珍珠》的舞臺是有著廣袤自然景色的「シンオウ地方」，主角居住在這裏的一個叫做「フタバ鎮」的小城市裏。遊戲的目標主要有兩個，一個是收集當地的所有口袋妖怪，完成「口袋妖怪大圖鑒」，還有一個則是培養口袋妖怪成為比賽冠軍。遊戲方式與之前相同，主角在冒險過程中收集口袋妖怪，並且培養其逐漸成長，之間會發生很多事件。主角使用被稱為精靈球的道具，捕捉野生的口袋妖怪，捕捉到的妖怪可以作為夥伴一起冒險。

 除了應用NDS的觸摸屏特點外，《鉆石·珍珠》最大的特點就是對應任天堂的Wi-FiConnection網絡服務。遊戲中存在「GlobalTradeStation」（GTS），玩家可以通過好友口令登陸，與世界各地的朋友交換口袋妖怪或者進行對戰。GTS的交換方法有兩種，首先是設定交換的口袋妖怪條件，然後把想要交換的口袋妖怪寄存起來，當有網絡上有符合實現設立條件的口袋妖怪想要和你交換時，就可以進行交換了。交換對象的居住地點會以高科技地球儀「GEONET」上的點表示，玩家可以借此確認交換對象居住的地方。

 在本作的「戰鬥塔」模式中，玩家將會與7名口袋妖怪訓練員展開淘汰賽，漂亮地取得勝利後，還會出現超強的訓練員。本作中除了單人戰鬥外，還有對應Wi-FiConnection的「Wi-FiBattleRoom」，玩家可以與網絡上的對手在其中比賽。這些Wi-Fi戰鬥室存在等級概念，連續取得勝利就可以進入排名更高的戰鬥室，而如果連續失敗，排名將會降低。