主角是一個被選中的普通的馴獸師，他是暗月城的一個組織「夜之鴉」的成員。參加了一場與對手組織「光之牙」常規比賽時，盡管他們是新成員，但還是成功地贏得了3場比賽。從比賽中取得勝利，並受到同伴的贊揚，他們就去睡覺了，只有在城市裏有一場大騷動，伴隨著一種神秘的能量生命形式的出現，就在那天晚上!它導致許多數碼寶貝退化為數碼蛋，並對接入點造成相當大的損害。當主角發現有什麽東西出了問題，就沖到城裏，這座城市已經遭受了巨大的破壞，連接城市和陽光城的橋梁也被摧毀了。有謠言說，光之牙參與了這件事，開始傳播開來，主人公開始了一段恢復城市的旅程，並找出了神秘的生命形式背後的真相。
從不同的觀點來看，遊戲的特點是相同的。在《數碼寶貝傳說：日光》中，你是光之牙的一員，而在，《數碼寶貝傳說：月光》中你是夜之鴉組織的一員，他們是競爭對手。災難沖擊著世界，這取決於你(無論你屬於哪個組織)來解決這個謎題等等。當然，在接下來的戰鬥中，你可以得到不同的數碼寶貝，而獲得它們的方法就是同時擁有這兩款遊戲。除了在最初的《數碼寶貝傳說》裏的WiFi功能，你現在還可以和其他的馴獸師戰鬥了。
